In de 12e en 13e eeuw brengen twee monniken (beide uit de Tendai school  (Tendai (天台宗 Tendai-shū) is de Japanse school van Mahayana Boeddhisme, nakomeling  van de Chinese Tiantai of Lotus Sutra school.)  een nieuwe stroming vanuit China naar Japan, het Zen-Boeddhisme: Zen-yu. Hoewel het al eeuwen in een bepaalde vorm aanwezig was (het zat al min of meer in Tendai) werd het nu gestimuleerd. Het was Myôan Eisai, die eind 12e eeuw de Rinzai sekte stichtte en Dôgen (Zenji), die begin 13e eeuw, de Sôtô sekte stichtte. Belangrijkste stelling: Het nirwana (of de verlichting) wordt niet bereikt door redenaties of het opzeggen van soetra's maar uitsluitend door meditatie. Bij het zenboeddhisme zijn meerdere meditatievormen: Zazen of zittend zen, staande zen, etc.  

Zen is sterk beïnvloed door het Confucianisme, ook in Japan. Dit kwam omdat in China de monniken gedwongen naast Zen ook Confucianisme moesten studeren. De eerste Zen leraren in Japan beheerste en waren meester in beide disciplines. 

Zen vereist meer intuïtief gevoel/denken dan praktische filosofie, dit was eenvoudiger te begrijpen voor de Bushi. De consistentie tussen de ‘fighting spirit’ en de ideeën van Zen maakte dat het zich zeer snel verspreidde onder de Buke hiërarchie. Dit omdat het aansloot op de deugden zoals eenvoud, intuïtie en terughoudendheid. 

Citaat:

Het onderwijs van Zen vertelt ons dat ons ware zelf binnen diepe lagen van gebruikelijke gedachte patronen, zelf-waanidee en ego verborgen zijn. Wij leven in een droom-wereld van ons het eigen maken. Het doel van Zen is deze lagen van illusie en ego weg te dragen om plotseling vrij van de dualistische vooruitzichten te zijn die ons van het begrip van onze ware aard en het leven eensgezind met ons, anderen en het heelal bij groot houden. 

Stelling Boeddhisme: leven is lijden.

Zen: Zen benadert het leven positief

Begrijpen hoe de natuur werkt, door dichtbij de voorzienigheid van de natuur te komen en jezelf objectief kunnen zien in de natuurlijke omgeving. Door de Zen-training ontstaat geestelijke eenwording met de natuur.